विकास कार्यों के वित्तपोषण के अलावा, एनईसी सक्रिय रूप से उनके कार्यान्वयन की निगरानी भी करता है। एनईसी क्षेत्रीय स्तर के मॉनिटरों (ग्रामीण विकास मंत्रालय के तहत पीएमजीएसवाई के लिए राष्ट्रीय स्तर के मॉनिटरों की तरह) को नियुक्त करता है जो परियोजनाओं के मूल्यांकन के लिए डोमेन विशेषज्ञता वाले सेवानिवृत्त वरिष्ठ अधिकारी होते हैं। एनईसी सहायता प्राप्त परियोजनाओं के प्रभाव मूल्यांकन अध्ययन आयोजित करने के लिए एनईसी WAPCOS, WEBCON, IIE आदि जैसे संस्थानों/संगठनों को भी नियुक्त करता है। निरीक्षण रिपोर्ट एनईसी वेबसाइट पर अपलोड की जाती हैं और इच्छुक हितधारकों द्वारा उन तक पहुंचा जा सकता है। ये मूल्यांकन एनईसी परियोजनाओं की अनिवार्य त्रैमासिक समीक्षा बैठकों के साथ-साथ नियंत्रक और महालेखा परीक्षक द्वारा ऑडिट के माध्यम से संबंधित राज्यों द्वारा की गई निगरानी के अलावा हैं।